- GAT to N-acetylotransferaza z Bacillus licheniformis , zoptymalizowana przez tasowanie genów do acetylacji herbicydu o szerokim spektrum działania, glifosatu, stanowiącego podstawę nowego mechanizmu tolerancji glifosatu u roślin transgenicznych (Castle, LA, Siehl, DL, Gorton, R. Patten, PA, Chen, YH, Bertain, S., Cho, HJ, Duck, N., Wong, J., Liu, D. i Lassner, MW (2004) Science 304, 1151-1154). Struktura krystaliczna o rozdzielczości 1,6-A zoptymalizowanego wariantu GAT w trójskładnikowym kompleksie z acetylokoenzymem A i konkurencyjnym inhibitorem, 3-fosfoglierynianem, definiuje GAT jako członka rodziny N-acetylotransferaz związanych z GCN5.
- Cztery reszty miejsca aktywnego (Arg-21, Arg-73, Arg-111 i His-138) przyczyniają się do dodatnio naładowanego miejsca wiązania substratu, które jest zachowane w całej podrodzinie GAT. Dane strukturalne i kinetyczne sugerują, że His-138 działa jako zasada katalityczna poprzez wspomaganą przez substrat deprotonację drugorzędowej aminy glifosatu, podczas gdy inna reszta miejsca aktywnego, Tyr-118, działa jako ogólny kwas.
- Chociaż fizjologiczny substrat jest nieznany, natywne acetylaty GAT kwas D-2-amino-3-fosfonopropionowy z kcat/Km 1500 min-1 mM-1. Dane kinetyczne pokazują preferencyjne wiązanie krótkich analogów z natywnym GAT i stopniowe lepsze wiązanie dłuższych analogów ze zoptymalizowanymi wariantami.
- Pomimo 200-krotnego wzrostu kcat i 5,4-krotnego spadku Km dla glifosatu, tylko 4 z 21 podstawień obecnych w R7 GAT leżą w miejscu aktywnym. Rewertanty jednomiejscowe skonstruowane w tych pozycjach sugerują, że wiązanie glifosatu jest optymalizowane przez podstawienia, które zwiększają rozmiar miejsca wiązania substratu.
- Duża poprawa kcat jest prawdopodobnie spowodowana wspólnymi efektami dodatkowych podstawień zlokalizowanych dystalnie od miejsca aktywnego.
Molekularne podstawy oporności na glifosat przez zoptymalizowaną acetylotransferazę drobnoustrojową
Molekularne podstawy oporności na glifosat dzięki zoptymalizowanej acetylotransferazie mikrobiologicznej.
Stabilność termodynamiczna aktywnej na zimno alfa-amylazy z antarktycznej bakterii Alteromonas haloplanctis.
- Stabilność termiczną aktywnej na zimno alfa-amylazy (AHA) wydzielanej przez antarktyczną bakterię Alteromonas haloplanctis zbadano za pomocą wewnętrznej fluorescencji, dichroizmu kołowego i różnicowej kalorymetrii skaningowej.
- Stwierdzono, że ten termolabilny enzym jest największym znanym wielodomenowym białkiem wykazującym odwracalne dwustanowe rozwijanie, co wykazano poprzez odzyskanie wartości DeltaHcal po kolejnych przejściach kalorymetrycznych, stosunek DeltaHcal/DeltaHeff bliski jedności oraz niezależność odfałdowania termodynamiczne parametry szybkości skanowania.
- W przeciwieństwie do tego, zbadane tutaj mezofilne alfa-amylazy (z trzustki wieprzowej, ludzkich gruczołów ślinowych, chrząszcza śrutowca, Bacillus amyloliquefaciens i Bacillus licheniformis ) rozwijają się nieodwracalnie zgodnie z mechanizmem niedwustanowym. W przeciwieństwie do mezofilnych alfa-amylaz, temperatura topnienia AHA jest niezależna od wiązania wapnia i chlorków, podczas gdy allosteryczne i strukturalne funkcje tych jonów są zachowane.
- Termostabilność AHA w optymalnych warunkach charakteryzuje się Tm 43,7°C, DeltaHcal 238 kcal mol-1 i DeltaCp 8,47 kcal mol-1 K-1. Wartości te wykorzystano do obliczenia swobodnej energii Gibbsa rozwijania w szerokim zakresie temperatur.
- Ta krzywa stabilności pokazuje, że (a) specyficzna DeltaGmax AHA [22 cal (mol pozostałości)-1] jest 4 razy niższa niż alfa-amylaz mezofilnych, (b) uwodnienie grupy odgrywa kluczową rolę w elastyczności enzymu w niskie temperatury, (c) temperatura rozwijania się na zimno ściśle odpowiada dolnej granicy wzrostu bakterii i (d) rekombinowany enzym termolabilny może być wyrażany w gospodarzach mezofilnych w umiarkowanych temperaturach.
- Argumentuje się również, że aktywna na zimno alfa-amylaza ewoluowała w kierunku najniższej możliwej stabilności konformacyjnej swojego stanu natywnego .
Aktywacja alfa-amylazy Bacillus licheniformis przez zaburzenie->>przejście do porządku w miejscu wiązania substratu za pośrednictwem triady wapń-sód-wapń metaliczny.
- Strukturalna podstawa tego, jak metale regulują stan funkcjonalny białka poprzez zmianę lub stabilizację jego konformacji, została scharakteryzowana w stosunkowo niewielu przypadkach, ponieważ pozbawiona metalu postać białka jest często częściowo nieuporządkowana i nie nadaje się do analizy krystalograficznej. Nie dotyczy to jednak alfa-amylazy Bacillus licheniformis (BLA), dla której dostępna jest struktura formy wolnej od metalu. BLA to enzym hipertermostabilny, który znajduje szerokie zastosowanie w biotechnologii, np. w rozkładzie skrobi czy jako składnik detergentów. Określenie struktury BLA w postaci zawierającej metal, wraz z porównaniem do enzymu apo, pomoże nam zrozumieć, w jaki sposób jony metali mogą regulować aktywność enzymu.
- Podajemy tutaj strukturę krystaliczną natywnego, zawierającego metal BLA. Struktura pokazuje, że miejsce wiązania wapnia, które jest zachowane we wszystkich alfa-amylazach, stanowi część bezprecedensowego liniowego układu triadowego metalu, z dwoma jonami wapnia otaczającymi centralny jon sodu. Region wokół metalowej triady zawierający 21 reszt wykazuje zmianę konformacyjną obejmującą odwijanie helisy i przejście nieporządek->>porządek w porównaniu ze strukturą BLA bez metalu. Kolejny jon wapnia, nie obserwowany wcześniej w alfa-amylazach, znajduje się na styku domen A i C.
- Przedstawiamy opis strukturalny głównego przegrupowania konformacyjnego, w którym pośredniczą jony metali. Indukowane metalem przejście nieporządek->>porządek obserwowane w BLA prowadzi do powstania rozszerzonego miejsca wiązania substratu i wyjaśnia na poziomie strukturalnym zależność alfa-amylaz od wapnia. Porównania sekwencji wskazują, że unikalna triada metalu Ca-Na-Ca i dodatkowy jon wapnia zlokalizowany między domenami A i C można znaleźć wyłącznie w alfa-amylazach bakteryjnych, które wykazują zwiększoną termostabilność. Przedstawione tutaj informacje mogą pomóc w racjonalnym projektowaniu mutantów o zwiększonej wydajności w zastosowaniach biotechnologicznych.
Systematyczna inżynieria metaboliczna Escherichia coli do wysokowydajnej produkcji biochemicznego 2,3-butanodiolu jako paliwa.
- Produkcja biopaliw przez rekombinowane Escherichia coli jest ograniczona przez toksyczność produktów. 2,3-butanodiol (2,3-BD), platforma i paliwo biochemiczne o niskiej toksyczności dla drobnoustrojów, może być obiecującą alternatywą dla produkcji biopaliw.
- Jednak wydajność i produktywność 2,3-BD wytwarzanego przez rekombinowane szczepy E. coli nie są wystarczające do fermentacji na skalę przemysłową. W tej pracy zoptymalizowano produkcję 2,3-BD przez rekombinowane szczepy E. coli, stosując podejście systematyczne. Klastry genów biosyntezy 2,3-BD sklonowano od kilku rodzimych producentów 2,3-BD, w tym Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis , Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens i Enterobacter cloacae, wstawiono do wektora ekspresyjnego pET28a i porównano pod kątem 2,3 -synteza BD.
- Rekombinowany szczep E. coli BL21/pETPT7-EcABC, niosący klaster genów szlaku 2,3-BD z Enterobacter cloacae, wykazał najlepszą zdolność do syntezy 2,3-BD. Następnie ekspresję najbardziej wydajnego klastra genów zoptymalizowano przy użyciu różnych promotorów, w tym PT7, Ptac, Pc i Pabc. E. coli BL21/pET-RABC z Pabc jako promotorem była lepsza w syntezie 2,3-BD.
- Na podstawie wyników analiz profilowania biomasy i metabolitów pozakomórkowych warunki fermentacji, w tym pH, szybkość mieszania i szybkość napowietrzania, zostały zoptymalizowane pod kątem wydajnej produkcji 2,3-BD. Po fermentacji okresowej z zasilaniem w zoptymalizowanych warunkach wytworzono 73,8 g/l 2,3-BD przy użyciu E. coli BL21/pET-RABC w ciągu 62 godzin.
Native Bacillus licheniformis Protease |
|||
NATE-0633 | Creative Enzymes | 100mg | 493.2 EUR |
Native Bacillus licheniformis Keratinase, feed grade |
|||
FEED-0001 | Creative Enzymes | 1kg | 272.4 EUR |
alpha Amylase from Bacillus licheniformis |
|||
20-abx082217 | Abbexa |
|
|
Bacillus licheniformis Subtilisin Carlsberg (apr) |
|||
1-CSB-EP365470BQT | Cusabio |
|
|
Bacillus licheniformis N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlM (cwlM) |
|||
1-CSB-EP339780BQT | Cusabio |
|
|
Native Bacillus sp. Leucine dehydrogenase |
|||
DIA-209 | Creative Enzymes | 5KU | 3318 EUR |
Native Bacillus subtilis Bilirubin oxidase |
|||
DIA-129 | Creative Enzymes | 1KU | 402 EUR |
Native Bacillus megaterium Diaphorase (NADH) |
|||
DIA-142 | Creative Enzymes | 10ku | 402 EUR |
BACILLUS CEREUS AGAR |
|||
B02-101-10kg | Alphabiosciences | 10 kg | 2187.6 EUR |
BACILLUS CEREUS AGAR |
|||
B02-101-2Kg | Alphabiosciences | 2 Kg | 523.2 EUR |
BACILLUS CEREUS AGAR |
|||
B02-101-500g | Alphabiosciences | 500 g | 186 EUR |
Bacillus sp. Levanase |
|||
1-CSB-EP523248BRG | Cusabio |
|
|
Bacillus Spores Antibody |
|||
abx022927-1ml | Abbexa | 1 ml | 718.8 EUR |
Bacillus cereus PCR kit |
|||
PCR-H492-48D | Bioingentech | 50T | 543.6 EUR |
Bacillus cereus PCR kit |
|||
PCR-H492-96D | Bioingentech | 100T | 686.4 EUR |
Bacillus cereus (MYP) Agar |
|||
MED1158 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 14.4 EUR |
Bacillus cereus Enterotoxin |
|||
1-CSB-EP302168BQJ | Cusabio |
|
|
Bacillus anthracis PCR kit |
|||
PCR-H504-48D | Bioingentech | 50T | 543.6 EUR |
Bacillus anthracis PCR kit |
|||
PCR-H504-96D | Bioingentech | 100T | 686.4 EUR |
Bacillus Cereus Agar (PEMBA) |
|||
MED1488 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 88.8 EUR |
Bacillus cereus RT PCR kit |
|||
RTq-H492-100D | Bioingentech | 100T | 860.4 EUR |
Bacillus cereus RT PCR kit |
|||
RTq-H492-150D | Bioingentech | 150T | 969.6 EUR |
Bacillus cereus RT PCR kit |
|||
RTq-H492-50D | Bioingentech | 50T | 717.6 EUR |
Bacillus sp. Levanase (Levanase) |
|||
1-CSB-YP523248BRG | Cusabio |
|
|
Bacillus cereus Selective Sup |
|||
MED1550 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 44.4 EUR |
Bacillus Cerus Agar Base (MYP) |
|||
MED1428 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 84 EUR |
SCK6 Bacillus subtilis Strains |
|||
S0086 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
Bacillus amyloliquefaciens Barstar |
|||
1-CSB-EP320008BQB | Cusabio |
|
|
Bacillus subtilis Levanase (sacC) |
|||
1-CSB-EP356581BRJ | Cusabio |
|
|
Identify of Mesophilic Bacillus |
|||
MIC6710 | Scientific Laboratory Supplies | PK20 | 319.2 EUR |
WB600 Bacillus subtilis Strains |
|||
S0093 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
BS168 Bacillus subtilis Strains |
|||
S0075 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
Bacillus anthracis RT PCR kit |
|||
RTq-H504-100D | Bioingentech | 100T | 860.4 EUR |
Bacillus anthracis RT PCR kit |
|||
RTq-H504-150D | Bioingentech | 150T | 969.6 EUR |
Bacillus anthracis RT PCR kit |
|||
RTq-H504-50D | Bioingentech | 50T | 717.6 EUR |
Bacillus Intein (aa 3 - 518) [His] |
|||
DAG1753 | Creative Diagnostics | 100 ug | 1232.4 EUR |
Bacillus cereus PEMBA Supplement |
|||
MED1580 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 43.2 EUR |
WB800N Bacillus subtilis Strains |
|||
S0076 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
Bacillus Circulans Intein Protein |
|||
20-abx261511 | Abbexa |
|
|
Bacillus anthracis antibody (Spore) |
|||
10-B108A | Fitzgerald | 500 ug | 457.2 EUR |
Bacillus anthracis antibody (Spore) |
|||
10-B108B | Fitzgerald | 500 ug | 457.2 EUR |
QPCR Kit DNA Bacillus anthracis |
|||
MOL6382 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 1045.79 EUR |
QPCR Kit DNA Bacillus anthrMmix |
|||
MOL6384 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 1333.02 EUR |
QPCR Kit DNA Bacillus cereuMmix |
|||
MOL6620 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 1274.27 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody |
|||
10-B02A | Fitzgerald | 1 mg | 567.6 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody |
|||
10-B02B | Fitzgerald | 1 mg | 562.8 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody |
|||
10R-B106a | Fitzgerald | 1 mg | 681.6 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody |
|||
10R-B106b | Fitzgerald | 1 mg | 681.6 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody |
|||
10R-B106c | Fitzgerald | 1 mg | 567.6 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody |
|||
10R-B106d | Fitzgerald | 1 mg | 567.6 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody |
|||
10R-B106e | Fitzgerald | 1 mg | 562.8 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody |
|||
10R-B106f | Fitzgerald | 1 mg | 681.6 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody |
|||
20-BR04 | Fitzgerald | 500 ug | 429.6 EUR |
QPCR Kit DNA Bacillus cereus E33 |
|||
MOL6618 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 1004.01 EUR |
Bacillus thuringiensis (BT) ELISA Kit |
|||
abx053110-96tests | Abbexa | 96 tests | 801.6 EUR |
Neutral proteinase from Bacillus sp. |
|||
DIA-273 | Creative Enzymes | 1g | 324 EUR |
Bacillus thuringiensis,BT ELISA Kit |
|||
CN-00140O1 | ChemNorm | 96T | 567.6 EUR |
Bacillus thuringiensis,BT ELISA Kit |
|||
CN-00140O2 | ChemNorm | 48T | 387.6 EUR |
Cilia-associated bacillus PCR kit |
|||
PCR-V343-48D | Bioingentech | 50T | 543.6 EUR |
Cilia-associated bacillus PCR kit |
|||
PCR-V343-96D | Bioingentech | 100T | 686.4 EUR |
CMCC (B) 63501 Bacillus subtilis Strains |
|||
S0098 | Lifescience Market | 100 ul | 438 EUR |
Bacillus cereus One-Step PCR kit |
|||
Oneq-H492-100D | Bioingentech | 100T | 1039.2 EUR |
Bacillus cereus One-Step PCR kit |
|||
Oneq-H492-150D | Bioingentech | 150T | 1177.2 EUR |
Bacillus cereus One-Step PCR kit |
|||
Oneq-H492-50D | Bioingentech | 50T | 861.6 EUR |
Bacillus subtilis Subtilisin E (aprE) |
|||
1-CSB-EP356214BRJ | Cusabio |
|
|
Bacillus subtilis Subtilosin-A (sboA) |
|||
1-CSB-EP522484BRJ | Cusabio |
|
|
Bacillus subtilis Subtilosin-A (sboA) |
|||
1-CSB-EP522484BRJe3 | Cusabio |
|
|
Recombinant Bacillus Thermolysin Protein |
|||
VAng-Lsx1547-inquire | Creative Biolabs | inquire | Ask for price |
Bacillus subtilis Glycine oxidase (thiO) |
|||
1-CSB-EP521738BRJ | Cusabio |
|
|
Bacillus subtilis Expansin-yoaJ (yoaJ) |
|||
1-CSB-EP522026BRJ | Cusabio |
|
|
Bacillus subtilis Expansin-yoaJ (yoaJ) |
|||
1-CSB-YP522026BRJ | Cusabio |
|
|
Bacillus anthracis One-Step PCR kit |
|||
Oneq-H504-100D | Bioingentech | 100T | 1039.2 EUR |
Bacillus anthracis One-Step PCR kit |
|||
Oneq-H504-150D | Bioingentech | 150T | 1177.2 EUR |
Bacillus anthracis One-Step PCR kit |
|||
Oneq-H504-50D | Bioingentech | 50T | 861.6 EUR |
Cilia-associated bacillus RT PCR kit |
|||
RTq-V343-100D | Bioingentech | 100T | 860.4 EUR |
Cilia-associated bacillus RT PCR kit |
|||
RTq-V343-150D | Bioingentech | 150T | 969.6 EUR |
Cilia-associated bacillus RT PCR kit |
|||
RTq-V343-50D | Bioingentech | 50T | 717.6 EUR |
Bacillus anthracis antibody (Edema Factor) |
|||
70-1009 | Fitzgerald | 1 mg | 525.6 EUR |
Bacillus anthracis antibody (Lethal Factor) |
|||
10-7841 | Fitzgerald | 1 mg | 567.6 EUR |
Bacillus anthracis antibody (Lethal Factor) |
|||
10-7842 | Fitzgerald | 1 mg | 567.6 EUR |
Bacillus anthracis antibody (Lethal Factor) |
|||
10-B107A | Fitzgerald | 1 mg | 567.6 EUR |
Bacillus anthracis antibody (Lethal Factor) |
|||
10-B107B | Fitzgerald | 1 mg | 567.6 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody (Spore) |
|||
10C-CR9004M3 | Fitzgerald | 100 ug | 603.6 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody (Spore) |
|||
10C-CR9004M4 | Fitzgerald | 100 ug | 603.6 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody (Spore) |
|||
10R-B108a | Fitzgerald | 1 mg | 781.2 EUR |
Bacillus anthracis (Anthrax) antibody (Spore) |
|||
10R-B108b | Fitzgerald | 1 mg | 781.2 EUR |
Bacillus anthracis antibody (Lethal Factor) |
|||
70-1008 | Fitzgerald | 1 mg | 440.4 EUR |
Bacillus anthracis Thymidylate kinase (tmk) |
|||
1-CSB-EP007226BQG | Cusabio |
|
|
Bacillus subtilis Malate dehydrogenase (mdh) |
|||
1-CSB-EP013623BRJ | Cusabio |
|
|
Bacillus cereus Methylglyoxal synthase (mgsA) |
|||
1-CSB-EP507015BQK | Cusabio |
|
|
Recombinant Bacillus Anthracis Edema Factor |
|||
VAng-Lsx1538-100g | Creative Biolabs | 100 µg | 537.6 EUR |
Rabbit polyclonal antibody for Bacillus sp. |
|||
3403 | Virostat | 1 ml | 360.16 EUR |
Rabbit polyclonal antibody for Bacillus sp. |
|||
6824 | Virostat | 1 ml | 386.26 EUR |
Bacillus subtilis Alpha-galactosidase (melA) |
|||
1-CSB-EP523525BRJ | Cusabio |
|
|
Bacillus subtilis Alpha-galactosidase (melA) |
|||
1-CSB-YP523525BRJ | Cusabio |
|
|
Recombinant Bacillus Anthracis Lethal Factor |
|||
VAng-Lsx1540-1mg | Creative Biolabs | 1 mg | 2370 EUR |
Bacillus sp. Monomeric sarcosine oxidase (soxA) |
|||
1-CSB-EP332906BCG | Cusabio |
|
|
Bacillus anthracis antibody (Protective Antigen) |
|||
70-1007 | Fitzgerald | 1 mg | 440.4 EUR |
Inactivated Bacillus Thuringiensis Cry1Ab Toxin |
|||
VAng-Lsx1536-10g | Creative Biolabs | 10 µg | 2138.4 EUR |
Recombinant Bacillus Anthracis Protective Proein |
|||
VAng-Lsx1537-50g | Creative Biolabs | 50 µg | 643.2 EUR |
Wartości zarówno plonu, jak i produktywności 2,3-BD uzyskane dzięki zoptymalizowanemu systemowi biologicznemu są najwyższe, jakie kiedykolwiek osiągnięto dzięki zmodyfikowanemu szczepowi E. coli. Oprócz produkcji 2,3-BD podejście systematyczne może być również stosowane w produkcji innych ważnych chemikaliów poprzez rekombinowane szczepy E. coli.